Fastp提示sequence and quality have different length错误
使用HiC-pro软件分析测序数据,在bowtie2序列比对过程中出现错误。
于是尝试用Fastp软件处理下fastq文件。结果出现了详细的错误提示:sequence and quality have different length
使用HiC-pro软件分析测序数据,在bowtie2序列比对过程中出现错误。
于是尝试用Fastp软件处理下fastq文件。结果出现了详细的错误提示:sequence and quality have different length
GSK3β-driven SOX2 overexpression is a targetable vulnerability in esophageal squamous cell carcinoma
食管鳞状细胞癌(ESCC)是目前缺乏批准的靶向治疗方法的最致命的人类恶性肿瘤之一。越来越多的证据表明,SOX2基因的过度表达是ESCC和其他鳞状细胞癌形成的关键因素之一。在本研究中,作者通过筛选小分子激酶抑制剂库,确定了GSK3β是在ESCC细胞中调节SOX2高表达的一个关键激酶。GSK3β并没有通过转录促进SOX2的表达,但它对于SOX2蛋白的稳定性是必需的。
近期整理一个“年久失修”的站点时发现,asp环境下,所有以POST方式传递表单参数均会提示 '80004005'错误。
于是专门做了一个post_test.asp页面测试:
直接打开页面,没有POST传值的时候,语句运行正常;但当向这个页面POST数据时,就会出现提示 '80004005'错误,行4。
查阅相关资料,有以下几种原因:
使用HiC-Pro软件分析Hi-C数据,在bowtie2比对完_R1、_R2.fastq后进行pair流程时出现错误提示:
Pairing of R1 and R2 tags ...
Logs: logs/GSMxxxxx/mergeSAM.log
make: [/mnt/data/soft/hicpro/HiC-Pro_3.1.0/bin/../scripts//Makefile:144:bowtie_pairing] 错误 1
Forward and reverse reads not paired. Check that BAM files have the same read names and are sorted.
MNase(Micrococcal nuclease)是一种特殊的核酸酶,广泛应用于染色质结构和核蛋白相互作用的研究中。
甲醛是一种常用的交联剂,用于固定细胞或组织中的染色质和蛋白质分子,以稳定其相互作用并保护其结构。CUT&RUN实验中,甲醛交联可以使染色质和核蛋白复合物的结构变得更加紧密和稳定,这可能会增加MNase酶切割的难度.
使用CST或诺唯赞的CUT&RUN kit中的pG-MNase时,切割不充分会影响靶片段释放,