邻近标记技术的原理、技术迭代与应用举例
2024年，Gergely Rona等人在期刊Molecular Cell发表了题为“CDK-independent role of D-type cyclins in regulating DNA mismatch repair”的文章（PubMed ID：38458201）。该研究研究者们利用TurboID技术发现了与染色质结合的D型环蛋白邻近的蛋白质中，只有Base excision repair (BER)途径的蛋白质在过氧化氢处理后显著富集，这表明在氧化应激下D型环蛋白积累在与BER途径蛋白质邻近的染色质上。此外，研究者们利用TurboID技术分析了在D型环蛋白存在或缺失的情况下，DNA损伤诱导的PCNA互作组的变化。他们发现，当D型环蛋白被耗尽时，PCNA附近显著增加的DNA修复蛋白质是MMR蛋白质MSH2、MSH3和MSH6，这表明D型环蛋白在氧化应激下抑制了PCNA与MMR蛋白质的相互作用。本研究同时反映了TurboID技术发挥作用不依赖过氧化氢，显示了该技术在研究细胞内蛋白质互作中的广泛应用潜力。本论文中使用的 pLVX-NLS-HA-TurboID 等质粒序列信息位于 Addgene 215075。
总结与展望
邻近标记技术作为现代生物学研究中的重要工具，经过了多次迭代，显著提高了其标记效率和时空分辨率。随着BioID、TurboID等技术的不断优化，邻近标记技术已广泛应用于蛋白质相互作用、亚细胞器蛋白质组、以及活细胞内蛋白质动态分析等研究领域。未来，随着新工具的开发和应用扩展，邻近标记技术将在揭示生命过程中的关键调控机制、开发新药靶等方面发挥更大作用。