co-IP、pull down与GFP-trap
原理与应用
Co-immunoprecipitation (co-IP)
co-IP基于抗体特异性识别抗原的原理，通常用于检测两种或多种蛋白质之间的相互作用。具体操作是使用针对目标蛋白（bait protein）的特异性抗体，将其与蛋白质复合物一起从细胞裂解液中沉淀出来。如果目标蛋白与其他蛋白（prey protein）相互作用，这些相互作用的蛋白质也会被一起沉淀下来。
常用于在相对天然的条件下研究蛋白质-蛋白质相互作用，特别是当目标蛋白与多个伴侣蛋白或大分子复合物相互作用时。
Pull-down
Pull-down实验通常涉及使用纯化的融合标签蛋白（如 GST-tagged 或 His-tagged 蛋白）作为诱饵（bait），将其固定在固相载体（如 GST-agarose beads 或 Ni-NTA beads）上，然后通过与裂解液中的潜在结合蛋白孵育，来捕获与诱饵蛋白相互作用的猎物蛋白（prey protein）。
pull-down实验常用于验证特定的蛋白质-蛋白质相互作用，特别是在诱饵蛋白已经纯化的情况下。由于诱饵蛋白通常是重组蛋白，因此实验条件更为可控。
GFP-trap
GFP-trap利用一种特异性结合 GFP（绿色荧光蛋白）的抗体或抗体片段（通常固定在琼脂糖或磁珠上），来捕获GFP融合蛋白及其相互作用的蛋白质。
GFP-trap主要用于从细胞裂解液中捕获GFP融合蛋白和与之相互作用的蛋白质。这种方法因为GFP的高特异性和高效性，使得它在蛋白质相互作用研究中非常受欢迎。
能否检测蛋白之间的直接结合或间接结合
Co-immunoprecipitation (Co-IP)
直接结合：可以检测到。
间接结合：可以检测到。Co-IP是研究蛋白质复合物的一个重要方法，可以捕获目标蛋白以及通过其他蛋白介导的间接相互作用蛋白。因此，Co-IP经常被用于研究复杂的蛋白质相互作用网络，其中包括直接和间接结合。
GFP-trap
直接结合：可以检测到。
间接结合：可以检测到。GFP-trap属于一种特殊形式的pull-down实验，利用GFP标签捕获与目标蛋白直接或间接相互作用的蛋白。因此，GFP-trap也能够捕获通过其他蛋白介导的间接相互作用蛋白。
Pull-down
直接结合：可以检测到。
间接结合：通常不检测间接结合。Pull-down实验主要用于研究直接的蛋白质相互作用，因为在实验设计中，诱饵蛋白（bait）通常是纯化的并固定在固相载体上，而其他间接相互作用的蛋白可能会因为缺少介导蛋白而无法被捕获。因此，pull-down更倾向于检测直接相互作用。
Co-IP和GFP-trap都可以检测直接和间接的蛋白质相互作用，因此可以用于研究复杂的蛋白质复合物。
Pull-down实验更倾向于检测直接的蛋白质-蛋白质相互作用，不太适合研究间接相互作用。
GFP-trap和flag抗体co-IP，两者优劣？
GFP-trap
优点
高特异性：GFP-trap使用高亲和力的抗体片段来捕获GFP标签，这种抗体片段对GFP的特异性非常高，减少了非特异性结合的发生。而且部分GFP-trap抗体可避免传统IP实验中的轻重链干扰。
荧光跟踪：GFP是一种荧光蛋白，可以直接在活细胞中通过荧光显微镜观察，从而实现实时跟踪蛋白质的定位和动态。
稳定性：GFP标签通常与目标蛋白稳定融合，且不会轻易影响蛋白质的结构和功能，适合长期观察。
高效性：GFP-trap方法非常高效，所需的样品量较少，且捕获时间较短。
缺点
较大标签：GFP 蛋白本身较大（~27 kDa），可能会干扰目标蛋白的功能或相互作用，尤其在研究蛋白质复合物或小型蛋白时。
荧光干扰：在某些实验设计中，GFP的荧光可能会干扰其他荧光探针或检测方法。
需要GFP融合蛋白：实验前需要构建GFP融合蛋白表达载体，可能增加实验设计和执行的时间和复杂性。