co-IP、pull down与GFP-trap
flag抗体co-IP
优点
小型标签：FLAG标签（~1 kDa）非常小，通常不会干扰目标蛋白的结构和功能，适合研究对蛋白功能或相互作用高度敏感的系统。
多功能性：FLAG标签可以轻松插入目标蛋白的N端或C端，并且与多种蛋白质结合的影响最小。该标签还可以用于多种检测方法，如蛋白质纯化、免疫共沉淀和免疫印迹。
广泛应用：FLAG标签的应用非常广泛，许多实验室和商业抗体供应商都提供FLAG特异性抗体和相关工具，便于实验设计和执行。
缺点
非特异性结合的风险：虽然FLAG标签的特异性较高，但由于抗FLAG抗体容易结合其他非特异性蛋白，可能会导致背景噪声高，需要进行严格的对照实验。
没有荧光功能：FLAG标签本身不具备荧光性质，不能用于直接观察蛋白质的动态分布或活细胞跟踪。
需要抗体质量高：FLAG-IP的成功依赖于高质量的抗 FLAG抗体，低质量的抗体可能导致非特异性结合或回收率低。
GFP-trap更适合在活细胞中追踪蛋白质的动态，并在荧光成像和特异性捕获方面表现突出，但其较大的标签可能会影响某些蛋白质的功能。
flag抗体co-IP则因其小型标签、广泛的适用性和多功能性而受欢迎，适合不需要荧光跟踪的实验，但可能面临较高的背景噪声和抗体依赖性问题。