conda安装HiCExplorer卡在Solving environment的问题
使用HiC-Pro分析完Hi-C数据之后,打算用HiCExplorer对TAD进行分析绘图。
按照HiCExplorer官网建议,通过conda安装。numpy、scipy安装都很顺利,但到hicexplorer时就卡住了。一直卡在Solving environment,安装失败。
使用HiC-Pro分析完Hi-C数据之后,打算用HiCExplorer对TAD进行分析绘图。
按照HiCExplorer官网建议,通过conda安装。numpy、scipy安装都很顺利,但到hicexplorer时就卡住了。一直卡在Solving environment,安装失败。
使用HiC-pro软件分析测序数据,在bowtie2序列比对过程中出现错误。
于是尝试用Fastp软件处理下fastq文件。结果出现了详细的错误提示:sequence and quality have different length
使用HiC-Pro软件分析Hi-C数据,在bowtie2比对完_R1、_R2.fastq后进行pair流程时出现错误提示:
Pairing of R1 and R2 tags ...
Logs: logs/GSMxxxxx/mergeSAM.log
make: [/mnt/data/soft/hicpro/HiC-Pro_3.1.0/bin/../scripts//Makefile:144:bowtie_pairing] 错误 1
Forward and reverse reads not paired. Check that BAM files have the same read names and are sorted.