正常细胞与肿瘤细胞的G1期、S期和G2期
细胞周期(Cell Cycle)是指连续分裂的细胞从一次分裂完成时开始,到下一次分裂完成时为止所经历的全过程。它主要包括两个阶段:分裂间期和分裂期。其中,处于分裂间期(Interphase)的细胞数量最多。G1期、S期、G2期中,处于G1期的细胞最多。各周期中,正常细胞和肿瘤细胞在功能、持续时间、细胞状态以及对损伤的反应等方面存在差别。
细胞周期(Cell Cycle)是指连续分裂的细胞从一次分裂完成时开始,到下一次分裂完成时为止所经历的全过程。它主要包括两个阶段:分裂间期和分裂期。其中,处于分裂间期(Interphase)的细胞数量最多。G1期、S期、G2期中,处于G1期的细胞最多。各周期中,正常细胞和肿瘤细胞在功能、持续时间、细胞状态以及对损伤的反应等方面存在差别。
邻近标记技术(Proximity Labeling, PL)利用特定的酶将标记物(如生物素)共价连接到目标蛋白附近的蛋白质上,从而实现对邻近蛋白质的标记和后续分析。这种标记可以通过质谱技术进行检测,进而揭示蛋白质之间的相互作用关系。这一技术的出现,不仅为蛋白质相互作用研究提供了新的工具和视角,还极大地推动了对细胞信号传导、代谢调控等重要生物过程的深入理解。
U6启动子来自RNA聚合酶 III(Pol III)系统,是一种用于驱动非编码RNA表达的启动子。最常见的用途是用于表达短发夹RNA(shRNA)、小导向RNA(sgRNA)等小RNA分子。如果你需要表达shRNA、sgRNA等短RNA分子,用于RNAi或CRISPR基因编辑时,U6启动子是最佳选择。如果需要在多种细胞系中高效、稳定地表达外源蛋白质,EF1α启动子是强力且持久的选择,尤其适用于慢病毒载体系统的长时间表达。Ubc启动子适用于需要中等强度的稳定基因表达,尤其在对免疫原性较敏感的实验中(如干细胞或原代细胞)。
Co-immunoprecipitation (co-IP)、pull down与GFP-trap都是常用的蛋白质相互作用研究技术,但它们的原理和应用场景有所不同。GFP-trap利用一种特异性结合GFP(绿色荧光蛋白)的抗体或抗体片段(通常固定在琼脂糖或磁珠上),来捕获GFP融合蛋白及其相互作用的蛋白质。这种方法因为GFP的高特异性和高效性,使得它在蛋白质相互作用研究中非常受欢迎。而且部分GFP-trap抗体可避免传统IP实验中的轻重链干扰。Co-IP和GFP-trap都可以检测直接和间接的蛋白质相互作用,因此可以用于研究复杂的蛋白质复合物。Pull-down实验更倾向于检测直接的蛋白质-蛋白质相互作用,不太适合研究间接相互作用。
MNase(Micrococcal nuclease)是一种特殊的核酸酶,广泛应用于染色质结构和核蛋白相互作用的研究中。
甲醛是一种常用的交联剂,用于固定细胞或组织中的染色质和蛋白质分子,以稳定其相互作用并保护其结构。CUT&RUN实验中,甲醛交联可以使染色质和核蛋白复合物的结构变得更加紧密和稳定,这可能会增加MNase酶切割的难度.
使用CST或诺唯赞的CUT&RUN kit中的pG-MNase时,切割不充分会影响靶片段释放,